S+ArrayAnalyzerこのモジュールは販売が中止されました。
S+ArrayAnalyzerとはS+ArrayAnalyzerはゲノム創薬分野で行なわれる、マイクロアレイデータ解析のためのS-PLUSアドオンモジュールです。各種の統計手法、グラフィカル手法により偽陽性率、偽陰性率をコントロールして、マイクロアレイ実験の計画、解析を改良することができ、より的確な判断を下すことにより実験コストや製品化に要する時間を削減することができます。Harvard、Berkeley、Johns Hopkins、Virginia大学の研究者とS-PLUSの開発元であるInsightful社の研究開発部によって開発されました。AffymetrixやcDNAアレイデータを容易にインポートすることができ、GUIから操作できるのでS-PLUSに慣れていない研究者でも利用できます。さらに以下のようなメリットがあります。
低反復実験の精度向上多くの実験では、発現濃度の分散は濃度の大きさの関数となるでしょう。反復回数の少ない実験では、標準偏差の推定のための自由度が小さくなります。LPE（Local Pooled Error）検定手法により、類似した平均濃度を持つ遺伝子の分散合計を推定します。（誤差推定の自由度が増し、検出力が向上します。）
誤り発見率の低減多くの検定が同時になされる際に、FWER（family-wise error rate）やFDR（false discovery rate）をコントロールするための数々の手法が提案されてきました。FWERは各遺伝子に対して調整済p値を用いることでコントロールされるので、全体としてのType1エラー率は望んだレベルで維持されます。調整済p値は検定統計量の理論分布あるいは組合せから計算することができます。FWERをコントロールするのに利用できる手法として、Bonferroni、Hochberg(1988)、Holm(1979)、Westfall&Young(1993)、またFDRをコントロールする手法として、Benjamini&Hochberg(1995)、Benjamini&Yekutiely(2001)などがあります。
（S+ArrayAnalyzerワークフロー）
解析画面例 対話型グラフ作成例 参考資料 S＋ArrayAnalyzer User's Guide（PDF、英語、262P、12MB） S+ArrayAnalyzerをコマンドラインで使う（PDF、和文、13P） WEBによるデモンストレーション（英語） ArrayAnalyzer FAQ（英語） 対応OS、S-PLUSバージョンS+ArrayAnalyzerlの価格、購入方法については、株式会社 数理システム宛お問合せください。
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