S-PLUSは、特にソフトウエア的なデータ量の上限を設定しておりません。一般的には、表計算ソフトウエアなどと比較して、かなり大きなデータを扱うことができます。上限はハードウエアのモリ搭載量、またOSの制限に依存します。
一般的な目安として、S-PLUSは全ての数値を内部的に倍精度(8byte)で持ちますので、単純な算術を実行する場合なら、データ数x8byte、さらにこの4倍程度のメモリ量が必要になります。(ただし、ネストが深い反復計算を伴うような場合は、この限りではありません。)
コマンドからの利用の場合は、Big Dataライブラリという機能を利用できます。このライブラリの利用により、データの制限は行数で無制限、列数で数万列となります。
Big Data ライブラリについて、詳しくはこちらをご覧ください。
ネイティブ64bit版ですので、実質的にメモリの実装量を全て有効利用できます。最強の大規模データ解析環境です。(英語版のみでの提供)