S-PLUSは西暦2000年問題にシステムとして対応済です。
S-PLUSでの日付データは、内部では4桁でデータを保持しており、表示時に2桁表示が選択可能となっています。ですので、利用者の方が正しくデータを入力している限り特に誤動作をすることはありません。ただし、入力時にすでに誤ったデータを入力している場合、あるいは2000年問題に未対応のオペレーティングシステムの日付表示機能を利用してデータが入力されている場合などは、問題が起こるケースはあります。(但し、これはS-PLUSに起因する問題ではありません。)