現在、一般的には
が多いようです。S言語での操作、解析の基本機能は両プラットホームでほぼ同じですが、GUIや一部のグラフィックス機能、またOS固有のインターフェース機能は異なります。
Windows版は、基本的に手元のPCで個人が利用するのに向いています。GUIが充実しており、価格も個人利用として手ごろな価格になっています。基本的に一つのPCに一つのライセンスが必要になります。
UNIX版の場合、基本的にコマンドラインからの利用が主たるものになります。Windowsのレジストリと違って、UNIXのリソースはアプリケーション側で一括管理ができるので、NFSなどでのネットワーク上で、何人もの利用者が共同で利用するのに向いています。